... использованием ModRewrite к корню сайта, без индексного файла
В файле .htaccess можно прописать:
<IfModule mod_rewrite.c>
Options +FollowSymLinks
RewriteEngine On
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^www.domain\.ru$ [NC]
RewriteRule ^index\.php$ http://www\.domain\.ru/ [R=301,L]
</IfModule>
Такое правило будет выполнять 301 редирект при обращении к http://domain.ru/index.php к корню http://domain....